PTM Predictor GömSis 2008 Posteri

Gömsis 2008 sempozyumu için Jens Allmer ile birlikte hazırladığım PTM Predictor posteri. Üzerine tıklayarak orjinal boyutunda görebilirsiniz.

PTM Predictor Projesi Bitti + Screencast

Cpu-turkey'e PTM Predictor adıyla katıldığımız projemiz nihayet sona ulaştı. Uykusuz ve yoğun tempolu günler sonunda simulatörde sorunsuz çalışan kodumuza kavuştuk. PTM Predictor benim için en başından sonuna kadar bir macera oldu. VHDL dilini öğrenerek etkili bir biçimde kullanmayı, yazılan kodun son ana kadar hep hata vermesi ama bi şekilde düzeltilip yetiştirildiğini, kodlamanın test etmekten daha kısa ve kolay olduğunu, macro programlarına güven olmayacağını ve bunlar gibi birçok şeyi öğrendim. Önemli olan yarışmak değildi zaten :)

Screencast'ı izlemek için buraya tıklayınız. ( 33mb - 6 dakika 53 saniye )

PTMpredictor'deki Son Durum

Projeyi yoğun çalışmalarımız sonunda niyahet Cpu-Turkey'deki proje sayfamıza ekledik. Siteye git

Aksilikler...

Son yazımda işlemci tasarımının ilk aşamasının bittiğini, bir aksilik olmadığı sürece, proje sayfasına çalışmaları yollayacağımı söylemiştim ki, bir aksilik oldu. Aslında yazdığım vhdl koduna bir program olarak bakarsak hiçbir problem yok. Kendinden beklenileni gayet güzel yapıyor. Fakat sorun şu ki, bu bir program değil bir donanım ve donanım üzerinde çalışacağı için sırf programlama bilgisi yeterli olmuyor. Biraz daha derin konulara girmek gerekiyor.

İşte bu yüzden 3 tane vhdl ile ilgili kitap incelemem ve gerekirse okumam gerekiyor. Tabii bunların 1-2 gibi kısa sürede irdelenip, uygulanmasıda şart oldu. Çünkü yarışmanın takvimine göre devam edebilmemiz için 30 Nisan'a kadar birşeyler yapmış olmamız gerekiyor. Tabii bu yüzden hobi olarak uğraştığım birkaç projeyi şimdilik rafa kaldırmam gerekiyor. Neydi bu projeler derseniz: Mouse Free, BloggertoAspNet.

Bu arada BloggertoAspNet projemde baya yol katettim. Elimden geldiğince esnek, performanslı ve kolay kullanışlı olmasına özen gösteriyorum. Bittiğinde sadece blogger için, diğer rss desteği olan bütün blog sistemleriyle entegre bir şekilde kullanabileceksiniz.

İşlemci Tasarımında İlk Aşama Biterken

Jens Allmer ile beraber katıldığımız cpu-turkey yarışmasında, yoğun çalışmalarımızın sonunda, projemizde ilk aşamayı bitirdik. Bir aksilik olmadığını sürece cuma günü proje raporunu yarışma sayfamıza ekleyeceğiz.

Nedir bu ilk aşama ve ne yapar? İlk aşamada alınan bir amino asit dizisinin üzerinde a, b, c, x, y ve z iyonlarının ağırlıkları hesaplattırıp, bunları bir array içine sıralı olarak yerleştirdik. Yaptığımız hesaplamanın aynısını University of California'nın ilgili sitesinden görebilirsiniz. Arraya alınan bu hesaplamalar, bize amino asit dizinin teorik spektrumunu verdi. Birde yapılan araştırmalar sonucunda elde edilen verilerin bir array'e alınmasıyla, elimizde teorik ve araştırmalar sonucu oluşturulan iki array oluşturuldu. Son olarakta bu iki array'in birbirine olan benzerliği bulmak için Cosine Similarity(benzerlik) algoritması kullanıldı ve ilk aşamada bu şekilde sonlandı.

İlk aşama süresince Vhdl dilini anlamak ve öğrenmek için çokca uğraştığım için, yukarıda anlattığım ve projenin kolay bölümünü oluşturmak uzunca vaktimi aldı. Tabii bunun sebebini geçen hafta başlayan vizelerimin, ödevlerimin, sıkıcı derslerimin, bunun yanında tek başıma yaşamanın getirdiği bazı sorumlulukların(bulaşık, çamaşır, ev temizliği, alış-veriş gibi günlük işler), uyku düzenimimin bozulması, baharla gelen tembelliklik ve kafamı meşgul eden birkaç konuya bağlayabilirim.